Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta berlokasi di kompleks Pondok Pesantren An Nur Ngrukem, Pendowoharjo, Sewon, Bantul, Yogyakarta. Perguruan ini secara resmi berdiri pada tahun 2002 dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Al Qur’an (STIQ) An Nur Yogyakarta melalui SK Dirjend Pendis No. Dj-II/356/2002 yang diresmikan langsung oleh Menteri Agama R.I. Prof. Dr. Sa’id Aqiel Husein Al-Munawwar, dengan pembuka dua program studi, yaitu Program Studi Tafsir dan Hadits (TH) dan program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI).
Keberadaan IIQ An-Nur Yogyakarta merupakan penyempurna dari lembaga-lembaga yang ada di lingkungan Yayasan Al-Ma’had An-Nur, yang menyelenggarakan pendidikan non-formal dan pendidikan formal. Dalam bentuk non-formal, Pondok Pesantren An Nur mengelola pendidikan dan pengajaran berupa tahfidz al-Qur’an, qira’ah sab’ah, dan Madrasah Taman Pendidikan Al-Qur’an. Sedangkan bentuk pendidikan formal di lingkungan Pondok Pesantren An Nur meliputi Madrasah Diniyah Salafiyah al-Furqon (berdiri tahun 1986), Madrasah Tsanawiyah (MTs) Al Ma’had An Nur (berdiri tahun 1994), Madrasah Aliyah Umum (MAU) Al Ma’had An Nur (berdiri tahun 1997), Madrasah Aliyah Keagamaan (MAK) Al Ma’had An Nur (berdiri tahun 1999), dan IIQ An Nur (berdiri tahun 2002).
Yayasan Al Ma’had An Nur memiliki santri kurang-lebih sebanyak 5.000 orang dan alumni yang tersebar di berbagai provinsi di Indonesia, yang meliputi 60 % santri berasal dari Jawa (DIY, Jawa Tengah, Jawa Timur, Jawa Barat, dan DKI Jakarta), 35 % santri berasal dari luar Jawa (Sumatra, Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara Barat, dan Nusa Tenggara Timur), dan 5% dari luar negeri (Thailand dan Malaysia).
Berdirinya IIQ An Nur Yogyakart merupakan salah satu dinamika pesantren dalam menyikapi tuntutan zaman akan hadirnya sebuah institusi pendidikan tinggi Islam yang memiliki ciri khas al-Qur’an (mengambil kompetensi unggulan tahfidz al-Qur’an dan qira’ah sab’ah), serta memadukan khazanah keilmuan klasik Islam ala pesantren dengan keilmuan modern.
Dalam perjalanannya, IIQ An Nur Yogyakarta telah memantapkan pondasi untuk pengembangan perguruan tinggi ini menjadi lebih baik dan berkualitas, baik dalam bidang pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian, manajemen mutu akademik dan non-akademik, serta pemenuhan sarana dan prasarana.
Oleh karena itu, para tahun 2017, STIQ An Nur Yogyakarta secara resmi beralih status menjadi Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta melalui SK Dirjend Pendis Nomor 1925 Tahun 2017 dengan memiliki tiga fakultas dengan enam program sarjana dan program magister, yaitu sebagai berikut:
Fakultas Tarbiyah
- Program Studi Pendidikan Agama Islam [Prodi PAI]
- Program Studi Pendidikan Guru MI/SD [Prodi PGMI/SD]
Fakultas Ushuluddin
- Program Studi Ilmu al-Qur’an dan Tafsir [Prodi IAT]
- Program Studi Ilmu Hadits [Prodi ILHA]
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam
- Program Studi Ekonomi Syariah [ES]
- Program Studi Perbankan Syariah [PS]
Pascasarjana
- Progrma Magister Pendidikan Agama Islam [PAI]
Kini, IIQ An Nur Yogyakarta sedang berusaha mewujudkan dirinya menjadi universitas. Untuk itu, pengembangan kelembagaan serta profesionalisme dosen dan karyawan ditingkatkan sedemikian rupa sehingga memenuhi syarat menjadi universitas pertama di Yogyakarta yang berbasiskan pada al-Qur’an dan kepesantrenan.